Der europapolitische Fraktionssprecher Emil Sänze hat den Europa-Union Deutschland e.V. wegen Verstoßes gegen die Abgabenordnung angezeigt und zugleich den Entzug der Gemeinnützigkeit gefordert. „Gemeinnützige Körperschaften haben sich parteipolitisch neutral zu verhalten. Politische Bildung ist zudem nicht förderbar, wenn sie eingesetzt wird, um die politische Willensbildung und die öffentliche Meinung im Sinne eigener Auffassungen zu beeinflussen. Dies tut aber der Verein durch Publikationen und die Agitation gegen den selbsternannten politischen Gegner, insbesondere die Alternative für Deutschland. Doch schon im März 2017 hat der Bundesfinanzhof parteipolitische Neutralität als Voraussetzung für die Zuerkennung der Gemeinnützigkeit festgestellt“, begründet Sänze die Anzeige.
So heißt es in einem Beschluss des Präsidiums unter dem Titel „Kölner Signal“ unter anderem: „Die EUD ist trotz ihrer Überparteilichkeit eine politische Vereinigung und politisch nicht neutral […] Eine Mitgliedschaft in der AfD oder JA ist daher unvereinbar mit einer Mitgliedschaft in der EUD.“ Darüber hinaus hetzt der Verein regelmäßig in weiteren Veröffentlichungen gegen die Alternative für Deutschland, bezeichnet sie etwa als „europafeindlich“ sowie als „eine rechtsextreme Partei, ein Fall für den Verfassungsschutz“. Man dürfe zudem „Nicht der AfD hinterherlaufen!“ Durch diese Aktivitäten agiert der Verein außerhalb der ihm satzungsmäßig und durch Freistellungsbescheid der Finanzverwaltung zugewiesen Aufgaben. Das ist nicht hinnehmbar, so Sänze.